わかっているようで人により解釈がまちまちな「分子」という用語の意味を，歴史的な変遷も含めて解説する。イオン、金属、分子を区別する従来の考え方は無意味であり、これらを総合して分子と捉えることが分子科学の発展にとって大切であることを説明する。今回のゲストは分子科学研究所の創設にご尽力され、同研究所教授、所長、ならびに、岡崎国立共同機構長を歴任された井口洋夫名誉教授。分子科学の真髄についてお聞きできるビデオと説明文を別に用意した。

http://www.ecosci.jp/molsci/

Jmolの操作方法（表示分子上でのマウス操作）と原子色 ※原子の色はソフトウェアや書籍によって異なります。

Jmolによる「分子の科学」トップページ （分子はペニシリンG） □内の番号クリックで各章へ，□の↑TOPクリックでトップメニューへ

ページの操作方法：分子の選択と表示変更 画面中のボタンを押して，選択・変更 画面右端のスクロールバー[1]で分子名を探して選択し， スクロールバー[2]で分子の表示形式（次頁）や背景色などを変更。

ページの操作方法：分子の表示変更 □および□内のボタンで表示形式変更可能（下図が変更例） 分子の表示変更例（ペニシリンGを例に） [1]空間充填モデル　[2]球棒モデル　[3]スティックモデル（細）　 [4]針金モデル（□内のボタンでドット表面表と元素記号・番号表示）

Jmol表示分子例：尿素と乳酸 尿素 乳酸で見る鏡像異性体 ［左］(S)-(+)-乳酸 〔L-乳酸〕 ［右］(R)-(-)-乳酸 〔D-乳酸〕

Jmol表示分子例：色のある分子の例 ［上段左から］モーブ，p-アミノアゾベンゼン，メチルレッド，インジゴ ［下段左から］ビオラントロン，β-カロテン，グラフェン（部分），ポリアセチレン（部分）

ページの操作方法：分子の表示変更（タンパク質の場合） □で生体分子の表示変更。□で変更対象を選び□内ボタンで表示形式変更可能 生体分子の表示変更例（ヘモグロビンの部分構造例） PDBデータ1hhoのA鎖を例に：　 [1]全体を空間充填モデル 　[2]バックボーン表示（タンパク質を1本の鎖で表示） 　[3]二次構造表示

生体分子の表示変更例（DNAの部分構造例） PDBデータ2bnaを例に：　［左］原子色表示 ［右］DNA/RNA用着色表示；ATGCU backbone ※DNAの塩基はATGC ，RNAの塩基はAUGC。…は水素結合。